Územnosprávna organizácia územia obce Vernár bola v stredoveku mimoriadne zložitá. Od konca 13. storočia do 18. storočia bol Vernár súčasťou Gemersko-malohontskej stolice. Za panovania Jozefa II.,v rokoch 1785 až 1790, obec patrila do Gemerskej stolice a tá do Banskobystrického dištriktu. Územná reorganizácia za Bachovho absolutizmu v rokoch 1850 až 1860, Vernár pridelila do Spišskej župy. Ďalšia územná reorganizácia v rokoch 1867 – 1922, obec priradila ku Gemersko-malohontskej župe.V rokoch 1923 – 1928 patril Vernár do okresu Poprad., a ten do župy XIX. Podtatranskej. Za krajinského zriadenia, v rokoch 1928 – 1938, patril Vernár do okresu Poprad. Zriadenie v rokoch 1938 – 1940 Vernár zaradilo do okresu Poprad, a ten do Tatranskej župy. Členenie z rokov 1949 – 1960, pridelilo Vernár do okresu Poprad a ten do Košického kraja. Správne členenie z rokov 1960 – 1990 Vernár ponechalo v okrese Poprad, a ten patril do Východoslovenského kraja. Územnosprávne členenie z rokov 1991 – 1996 zaradilo Vernár do okresu Poprad. Dnes je Vernár súčasťou Prešovského samosprávneho kraja a jeho časti - Popradského okresu.
